Grupo de lingua espanhola e portuguesa de la ISFG
Grupo de lingua espanhola e portuguesa de la ISFG
Estudo de colaboração de STRs do cromossoma X
 
Após o desenvolvimento de um X-STR Decaplex (Gusmão et al., Int J Legal Med. 2008 Dec 12. [Epub ahead of print]), nas últimas Jornadas do GEP-ISFG foi decidido dar continuidade a este trabalho de colaboração entre laboratórios do grupo com o objectivo de estimar frequências alélicas em diferentes populações.
 
Os laboratórios interessados em participar devem inscrever-se enviando um email a Leonor Gusmão (lgusmao@ipatimup.pt). Para participar neste trabalho, os laboratórios terão que pagar uma inscrição de 50 euros para suportar gastos na compra e envio de primers. Para obter informação acerca de como realizar o pagamento, por favor consultem a pagina do grupo (http://www.gep-isfg.org/ISFG/Portugues/Controle_de_qualidade/formas_pago.php) e, em caso de dúvida, contactem o tesoureiro, Manuel López (tesoreria.gep@gmail.com).
 
Después del desarrollo de un X-STR Decaplex (Gusmão et al., Int J Legal Med. 2008 Dec 12. [Epub ahead of print]), en las últimas Jornadas del GEP-ISFG se decidió dar continuidad a este trabajo de colaboración entre laboratorios del grupo con el objetivo de estimar frecuencias alélicas en diferentes poblaciones.
 
 
Data limite para inscripção no exercício: 15 de Fevereiro de 2009
 
Aos laboratórios inscritos será enviada uma alíquota de primers para a amplificação dos 10 STRs incluídos no multiplex. A estes laboratórios pede-se que enviem os resultados obtidos para um mínimo de 200 homens, por e-mail a Leonor Gusmão (lgusmao@ipatimup.pt) ou Paula Sànchez-Diz (paula.sanchez@usc.es), de acordo com o formato que se envia em anexo.
 
Nota: Neste trabalho apenas poderão ser utilizados (nomeadamente, para uma futura publicação, em cuja autoria será incluído apenas um autor por laboratório) os dados dos laboratórios com resultados correctos nas amostras do CQ anual para todos os marcadores incluídos no X-Decaplex.

 

Data limite para envio de resultados: 25 de Julho de 2009
 
Protocolo de amplificação X-STR DECAPLEX 
 
Tabela 1. Primers: sequencia e marcação

 

Locus
Sequencia primers (5’-3’)
Ref.
DXS8378
6-FAM TTAGGCAACCCGGTGGTCC ACAAGAACGAAACTCCAACTC
[1]
DXS9898
6-FAM CGAGCACACCTACAAAAGCTG TAGGCTCACCTCACTGAGCA
New
DXS7133
6-FAM CACTTCCAAAAGGGGAAAAA ACTTGTACTTGGTGGGAGGAA
New
GATA31E08
6-FAM GCAAGGGGAGAAGGCTAGAA TCAGCTGACAGAGCACAGAGA
New
GATA172D05
VIC TAGTGGTGATGGTTGCACAG ATAATTGAAAGCCCGGATTC
[1]
DXS7423
VIC GTCTTCCTGTCATCTCCCAAC TAGCTTAGCGCCTGGCACATA
[1]
DXS6809
VIC TCCATCTTTCTCTGAACCTTCC TGCTTTAGGCTGATGTGAGG
New

 

DXS7132
NED TCCCCTCTCATCTATCTGACTG CACTCCTGGTGCCAAACTCT
New
DXS9902
NED CTGGGTGAAGAGAAGCAGGA GGCAATACACATTCATATCAGGA
New
DXS6789
NED CTTCATTATGTGCTGGGGTAAA ACCTCGTGATCATGTAAGTTGG
New

 

[1] Edelmann et al. Forensic Sci Int 129: 99-103 (2002)

 

Reactivos PCR:
- 10X Primer Mix (inclui todos os primers a uma concentração de 2µM. Na Tabela 1 esta indicada a sequencia e marcação dos primers)
- QIAGEN Multiplex PCR kit (http://www.qiagen.com)
 
 
PCR (Qiagen amplification kit)
 

 
Volume per amostra

 

 
2x Qiagen Multiplex PCR Master Mix
5 µl
 
10x Primer mix
1 µl
 
H2O
3,5 µl
 
 
 
 
 
 

9,5 µl

+ 0.5 µl ADN (1 ng/µl)

10 µl volumen final

 

Condições cíclicas da PCR

 

Desnaturação

inicial

95 ºC

15 min

 

94 ºC

30 sec

10 X

60 ºC

90 sec

 

72 ºC

60 sec

     
 

94 ºC

30 sec

20 X

58 ºC

90 sec

 

72 ºC

60 sec

     

Extensión final

60 ºC

60 min

 

Post PCR
 
Size standard LIZ500; Filtro G5
Size standard ROX500; Filtro D

 
 
Amostras de referencia:
 

 

9947A

9948

NA3657

K562

References

DXS8378

10/11

11

12

10

Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

DXS9898

12/15

13

 -

12

Shin et al. FSI 147: 35-41 (2005)

DXS7133

9/10

11

9

10

Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

GATA31E08

13

12

 -

13

Gusmao et al. IJLM 123: 227-234 (2009)*

GATA172D05

10

6

9

12

Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

DXS7423

14/15

14

13

17

Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

DXS6809

31/34

31

29

34

Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

DXS7132

12

13

12

13

Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

DXS9902

12

13

13

12-13

Gusmao et al. IJLM 123: 227-234 (2009)**

DXS6789

21/22

20

23

21

Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

 

*   Genotypes were changed by adding two repeats to the previously reported by Shin et al. FSI 147: 35-41 (2005)
** Genotypes were changed by adding one repeat to the previously reported by Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)

 

 

NOTA: Ainda que apresentam-se resultados para K562 DNA (Promega), este DNA não deveria ser usado unicamente como amostra de referência

 
 

DXS8378

DXS9898

DXS7133

GATA31E08

GATA172D05

DXS7423

DXS6809

DXS7132

DXS9902

DXS6789

GEP2003

M1

10/12

11/12

9/11

9/13

11

14/15

33

13

12.1/13

20/23

M4

12

11

11

9

11

14

33

13

13

23

GEP2004

M1

12

12

11

9

10

14

34

15

12

20

M2

12

12

11

13

10

15

33

13

12

21

M3

12

12

11

9/13

10

14/15

33/34

13/15

11/12

20/21

GEP2005

M1

10

8.3

9

12

11

15

36

13

13

23

M2

10/12

8.3/12

9/10

9/12

10/11

13/15

34/36

13/14

12/13

20/23

M3

10

14

9

11

8

15

31

15

10

20

M4

11

12

9

11

12

15

33

15

10

20

GEP2006

M1

11

11/13

9/10

9/13

10/11

15

30/32

13

12/13.1

15/16

M2

11/12

11/13

9/10

11/13

10/11

14/15

30/32

13

12/13.1

15/16

M3

13

12

11

12

6

14

34

14

12

21

M4

11/13

11/12

9/11

11/12

6/10

14

32/34

13/14

12

16/21

M5

10/11

8.3

9/10

12/13

8/10

15

28/33

15

11/12

20/22

GEP2007

M1

12

8.3/11

11

13

6/9

14/15

32/33

13/14

12

18/20

M2

10

12

9

12

8

14

31

15

12.1

20

M3

12

8.3

11

13

6

15

32

14

12

18

M4

13

8.3

9

12

10

15

32

15

11

20

M5

12

14

9

11

8

15

31

15

12

20

Resultados para os marcadores de cromossoma X nas amostras distribuídas nos controles anuais do GEP-ISFG