Grupo de lingua espanhola e portuguesa de la ISFG
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Grupo de trabalho de genética forense não humana
Coordenadores: António Amorim; José J. Pestano Brito
CONVITE À PARTICIPAÇÃO EM EXERCÍCIO COLABORATIVO (2008)
 
De acordo com o apresentado na Assembleia das últimas Jornadas, em Copenhaga, propõe-se a extensão do anterior trabalho colaborativo sobre cães (Canis familiaris) a amostras de pêlos. Os laboratórios que pretendam realizar a primeira parte do trabalho relativa à análise de uma amostra de sangue poderão solicitar também a respectiva amostra. A concretização será feita da seguinte forma:
  1. Será feito anúncio desta iniciativa no website  e através de um e-mail geral aos laboratórios membros do GEP.
  2. Até 30 de Dezembro, os laboratórios interessados deverão solicitar a sua participação por correio electrónico a Barbara van Asch, (basch@ipatimup.pt), indicando o endereço postal  e o nome da pessoa responsável a quem enviar as amostras no seguinte formato:
  3. José Juan Pestano Brito (Lab Genética, Inst. Anatomico Forense, Las Palmas de Gran Canaria) enviará uma amostra de pêlo aos laboratórios participantes até 30 de Janeiro.
  4. Será pedida a sequenciação de, pelo menos, um troço específico da HVR. Indicam-se no final deste texto as metodologias sugeridas e os limites mínimos de sobreposição interlaboratorial.
  5. Os resultados terão de ser remetidos sob forma electrónica até 1 de Março. Os electroforegramas deverão ser guardados para possível esclarecimento de dúvidas de interpretação. Não serão considerados resultados que não possam ser confirmados por inspecção dos respectivos electroforegramas.
  6. A análise dos resultados será feita pelo IPATIMUP, sendo resolvidas as dúvidas de interpretação em colaboração com o grupo de trabalho de mtDNA. 
  7. Evidentemente só poderão participar os laboratórios membros do GEP e os resultados considerados correctos permitirão aos laboratórios participantes contribuir com uma amostra populacional para a constituição de uma base de dados e uma publicação consequente em co-autoria, com dois autores por laboratório, nos moldes já habituais.
  8. Todas as dúvidas poderão ser esclarecidas através de Barbara van Asch, (basch@ipatimup.pt).
Grupo de trabalho de genética forense não humana
EXERCÍCIO COLABORATIVO SOBRE mtDNA de Canis familiaris
 
Haplotipo de referência A19 da região de controlo do DNA mitocondrial
Genebank accession NC_002008
Kim, KS, Lee, SE, Jeong, HW and Ha, JH
The complete nucleotide sequence of the domestic dog (Canis familiaris) mitochondrial genome.
 
A19 Forward
 
15301 aaacaacctt ctaaaatgaa gagtctttgt agtataatca ttaccttggt cttgtaaacc
15361 aaaaatggag agtaaccgcc ctccctaaga ctcaaggaag aagctcttgc tccaccatca
15421 gcacccaaag ctgagattct tcttaaacta ttccctgaca cccctacatt catatattga
15481 atcaccccta ctgtgctatg tcagtatctc caggtaaacc cttctcccct cccctatgta
15541 cgtcgtgcat taatggtttg ccccatgcat ataagcatgt acataatatt atatccttac
15601 ataggacata ttaactcaat ctcataattc actgatcttt caacagtaat cgaatgcata
15661 tcacttagtc caataagggc ttaatcacca tgcctcgaga aaccatcaac ccttgctcgt
15721 aatgtccctc ttctcgctcc gggcccatac taacgtgggg gttactatca tgaaactata
15781 cctggcatct ggttcttact tcagggccat aaccttattt actccaatcc tactaattct
15841 cgcaaatggg acatctcgat ggactaatga ctaatcagcc catgatcaca cataactgtg
15901 gtgtcatgca tctggtatct tttaattttt agggggggaa tctgctatca ctcacctacg
15961 accgcaacgg cactaactct aacttatctt ctgctctcag ggaatatgcc cgtcgcggcc
16021 ctaatgcagt caaataactt gtagctggac ttattcatta tcatttatca actcacgcat
16081 aaaatcaagg tgctattcag tcaatggttt caggacatat agttttaggg tacacgtacg
 
Primers sugeridos:
 
Fragmento A (15341-15804)
 Ta: 58ºC
 Primer AF 5’-TTACCTTGGTCTTGTAAACC
 Primer AR 5’-CTGAAGTAAGAACCAGATGCC
 
 Fragmento B (15746-16107)
 Ta: 60ºC
 Primer BF 5’-CATACTAACGTGGGGGTTAC
 Primer BR 5’-CCATTGACTGAATAGCACCTTG
 
NB: No caso de utilização de outros primers, é necessário como mínimo a edição das posições: 15458-16039
 
Nomenclatura:
PEREIRA, L, VAN ASCH B, AMORIM A 
Standardisation of nomenclature for dog mtDNA D-loop: a prerequisite for launching a Canis familiaris database.
 
Condições de PCR:
VAN ASCH, B, PEREIRA, L, PEREIRA, F, SANTA-RITA, P, LIMA, M, AMORIM, A.
MtDNA diversity among four Portuguese autochthonous dog breeds: a fine-scale characterisation.
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